Шамиль Жалилович родился в 1971 году в поселке Георгиевка Чимкентской области Казахской ССР. С 1989 года – в рядах ВС СССР. В 1993 году окончил Ташкентское военное танковое командное училище, год прослужил в воздушно-десантных войсках Узбекистана, затем перевелся в российскую армию. Служил в 12-й отдельной бригаде специального назначения ГРУ ГШ (Уральский военный округ), дислоцированной в городе Асбест Свердловской области.
В период первой и второй чеченских войн совершил большое количество командировок в республику. В 1995 году во главе своего подразделения нанес сокрушительное поражение боевикам в Шалийском районе Чечни.
10 сентября 1999 года в Дагестане группа майора Кокинаева в лесной местности столкнулась с бандой наемников-арабов, атаковала ее, при этом в рукопашной схватке Кокинаев уничтожил пять боевиков, и обратила в бегство.
Во время другого разведывательного выхода в тыл боевиков у горы Годобери в Ботлихском районе Дагестана Шамиль Жалилович обнаружил двигающуюся по направлению к российским войскам колонну боевиков из 25 автомашин, и, из-за недосягаемости данной территории для артиллерии, атаковал противника из быстро организованной засады, уничтожив 2/3 автомашин и около 200 боевиков, не имея при этом потерь среди личного состава. Лично уничтожил 2 автомобиля с находившимися в них боевиками.
С октября 1999 года участвовал во второй чеченской войне, во время которой смог собрать ценную разведывательную информацию и нанести существенный урон противнику.
За мужество и героизм, проявленные при выполнении воинского долга в Северо-Кавказском регионе Указом Президента России от 27 июля 2000 года майору Шамилю Кокинаеву присвоено звание Героя Российской Федерации с вручением медали «Золотая Звезда».
В 2004 году окончил Общевойсковую академию Вооруженных сил РФ и с этого же года начал преподавать в Московском высшем военном командном училище.
Шамиль Кокинаев посещал Невинномысск в рамках Вахты Героев Отечества, проводил для юных горожан уроки мужества, принимал участие в высадке деревьев на Аллее Героев.
«Желаю Шамилю Жалиловичу крепкого здоровья, благополучия и успехов», - отметил глава Невинномысска, Герой России Михаил Миненков.